本專業(yè)始于1991年設(shè)置的發(fā)酵工程專業(yè)，1997年調(diào)整為生物化學(xué)工程專業(yè)，1999年調(diào)整為生物工程專業(yè)，是安徽省教改示范專業(yè)，安徽省專業(yè)綜合改革試點(diǎn)專業(yè)，2020年獲批省級(jí)一流專業(yè)。生物工程學(xué)科為學(xué)校博士學(xué)位授權(quán)立項(xiàng)支撐學(xué)科，有生物工程一級(jí)學(xué)科碩士授權(quán)點(diǎn)，有各類省級(jí)教學(xué)、科研平臺(tái)（基地）7個(gè)。主要課程：無(wú)機(jī)及分析化學(xué)、有機(jī)化學(xué)、物理化學(xué)、化工原理、普通生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、生物化學(xué)、微生物學(xué)、基因工程、發(fā)酵工程、生物反應(yīng)工程、生物工程設(shè)備、生物分離工程、發(fā)酵工廠設(shè)計(jì)等。就業(yè)方向：畢業(yè)生可在生物醫(yī)藥、生物化工、生物技術(shù)、釀造、能源等行業(yè)高新技術(shù)企業(yè)從事產(chǎn)品、工藝及裝備的研究、開發(fā)、設(shè)計(jì)、管理及市場(chǎng)營(yíng)銷等工作，也可在商檢、藥檢、海關(guān)、工商等政府部門從事相關(guān)的監(jiān)督管理或在高等院校、科研院所從事教學(xué)和科研工作。