設置的本科專業有：水利水電工程、水文與水資源工程、港口航道及海岸工程、農業水利工程，水利水電工程英文教學試驗班均按水利類專業大類招生。

水利水電工程專業

該專業主要研究水利水電工程建設的基本理論和基本規律及工程設計、施工管理方法。專業特點是：重點在大型水利水電工程，兼顧中型工程，設計、施工與管理結合。培養具有水利水電工程的規劃、勘測、設計、施工、管理和科學研究等方面的專門知識，德智體美全面發展，有創新精神和實踐能力的水利水電工程建設的復合型高級工程技術人才和管理人才。該專業在全國40余所大學該專業中位居前列。

主要專業課程有：材料力學、結構力學、水力學、土力學、巖石力學、工程地質、工程測量、建筑材料、工程水文及水利計算、水資源規劃及管理、工程經濟、鋼筋混凝土結構、鋼結構、水工建筑物、水電站、水利水電工程施工、水利水電工程管理等。

畢業生可在水利、水電、電力、土木建筑等相關行業的部門及科研院校從事規劃、設計、施工、管理及科研教學等工作。六十年來，該專業為我國水利水電工程建設輸送了近萬名優秀人才。該專業現有國家“973”項目首席科學家1名。

水文與水資源工程專業

該專業主要研究水文信息采集與處理、水文分析與計算、水文預報、水旱災害防治、水資源特別是水電能源開發利用、水環境工程、水政水資源和水環境管理方面的理論和分析、設計方法。專業特點是：信息采集與分析計算結合、理論研究與技術應用并重。培養計算機、外語、經濟管理能力強、綜合素質高，能從事水文水資源、水電能源開發、水環境保護方面的勘測、規劃設計、預報預測、調度管理和科學研究的復合型高級工程技術人才和管理人才。該專業在全國30余所大學同專業中位居前列。該專業現有國家“973”項目首席科學家1名。

主要專業課程有：水力學、河流動力學、氣象與氣候學、水文學原理、地下水、水文信息學、數學規劃、水利工程經濟、水文預報、水文分析及計算、水資源規劃及管理、水資源系統調度、水環境規劃及管理等。

畢業生可在水利水電、電力、城市水務、交通、環境保護等部門及科研院校從事水文、水資源及環境保護方面測驗、規劃、設計、預報、調度及科研教學等工作。

港口航道及海岸工程專業（河流工程方向）

該專業在武漢大學已獨辦50多年，著重研究港口、海岸、航道及河流工程的規劃、設計、管理基本理論和技術。專業特點是：結構工程與流體工程并重、治河防洪與港口航道兼顧、數學模擬與物理模擬結合。培養厚基礎、高素質、強能力的復合型高級工程技術人才和管理人才。該專業現有國家“973”項目首席科學家1名。

主要專業課程有：材料力學、結構力學、水力學、土力學、工程水文及水利計算、河流動力學、河流模擬、治河防洪工程、水工建筑物、河流管理學、港口航道工程學等。

畢業生可在江河治理、防汛指揮、流域管理、水利水電工程及港口航道工程等部門和科研院校從事規劃、設計、施工、管理及科研教學等工作。

農業水利工程專業

該專業主要研究水利工程的勘測、規劃、設計、施工和管理的基本理論及技術，研究水資源系統分析和優化配置的理論及實踐、灌區工程的現代化等。專業特點是：規劃與設計并重、建設與管理兼顧、厚基礎、強能力、寬適用面。培養具有堅實的水利工程學科基礎理論和基本知識，能從事水利工程的勘測、規劃、設計、施工、管理、經濟分析、實驗研究及教學科研等方面工作的復合型高級工程技術人才和管理人才。該專業在全國30余所大學該專業中位居前列。該專業現有中國工程院院士2名。

主要專業課程有：材料力學、結構力學、水力學、工程地質（含水文地質）、土力學、建筑材料、鋼筋混凝土結構、工程水文及水利計算、工程經濟、灌溉與排水工程學、水資源規劃及利用、水工建筑物、水泵及水泵站、水利工程施工等。

畢業生可在各級水利、水電、水務及水環境、水保、土地開發、土木等部門和科研院校從事水利工程勘測、規劃、設計、施工、管理及科研教學等工作。

水利水電工程英文教學試驗班

該試驗班面向水利水電工程的勘測、規劃設計、建設管理及科學研究，培養基礎扎實、專業能力強、綜合素質優，具有國際化視野的水利工程領域高級專門人才。該試驗班自2011年起開設，在二年級學生中報名遴選。試驗班專業基礎課和專業課實行全英文教學，實驗報告、作業及課程設計、畢業設計（論文）均要求用英文完成。

主要專業課程有：理論力學、材料力學、結構力學、土力學、水文學、河流動力學、水資源規劃及管理、鋼筋混凝土結構、灌溉排水工程、水工建筑學、水利工程施工、工程項目管理。

畢業生可在各級水利水電、水務及水環境、水保土木、電力交通、江河治理防汛、流域管理等部門和科研院校從事國際交流合作及涉外工作和規劃、設計、施工、管理及科研教學等工作。